В 1551 году, в возрасте двадцати четырех лет, он вернулся в Англию, где был принят при дворе короля Эдуарда VI, которому оказал столь важную услугу, что получил пенсию в сто крон. Относительно этой тайной услуги существует множество легенд, но ни одна не подтверждается надежными свидетельствами. Можно, однако, предположить, что речь идет о каком-то магическом действии, поскольку причины пожалования пенсии никогда открыто не назывались. Удача отвернулась от Джона Ди со вступлением на трон Марии. Его обвинили в покушении на жизнь королевы посредством гадания на костях и, не в силах доказать это, заключили в тюрьму как еретика. Он избежал костра, сумев добиться расположения архиепископа Боннера. Убедив этого зловещего святошу в чистоте своих религиозных воззрений, в 1555 году он вышел на свободу. После чего современники прониклись к его магическим способностям еще большим почтением: ведь иначе повлиять на такого ограниченного человека, как архиепископ, было невозможно. С воцарением Елизаветы несчастья Джона Ди закончились: он вновь вошел в милость при дворе, и к нему несколько раз обращалась за консультацией сама королева. Елизавета снизошла до того, что навестила его дом в Мортлейке, чтобы полюбоваться коллекцией редкостей и прочих необычных вещей.
Именно в этом доме ноябрьским вечером 1582 года Джону Ди явился ангел, назвавшийся Уриэлем. Доктор онемел от ужаса, но ангел ласково улыбнулся ему, вручил подарок – прекрасно отполированный черный камень выпуклой формы – и сообщил, что с помощью этого камня можно беседовать с существами из иных миров; нужно лишь пристально глядеть на него, и тогда эти существа появятся на поверхности камня и откроют все тайны грядущего. Позднее Ди признался, что с успехом проделал подобный опыт; в самом же этом черном камне нет ничего мифического: после смерти некроманта он был приобретен графом Питерборо, а впоследствии попал в руки Горацио Уолпола.
Вот какому человеку Эдуард Келли передал алхимическую рукопись, найденную в могиле епископа. Быстро ознакомившись с текстом, Джон Ди сказал, что нужно прежде всего убедиться в качестве порошка трансмутации, и отправился вместе с Келли к одному из своих друзей – ювелиру. В мастерской последнего они совершили проекцию на свинец, и результат превзошел все ожидания: на глазах изумленного ювелира фунт презренного металла обратился в такое же количество чистейшего золота!
Тогда доктор Ди решил объединиться с Эдуардом Келли и пригласил того поселиться у него в доме. Он рассказал о явлении ангела Уриэля и обещал показать сеанс общения с существами иных миров. Этот сеанс состоялся 2 декабря, причем выяснилось, что Келли является даже лучшим медиумом, чем Джон Ди, потому что духи беседовали с ним одним, а доктор лишь записывал откровения, которые повторял ему его новый друг. Изложение этой странной беседы зафиксировано в рукописи, которая хранится в Британском музее, но, к сожалению, смысл его остается совершенно темным. Как бы там ни было, это событие сблизило двух мужчин, ибо Эдуард Келли вскоре стал необходим Джону Ди как посредник между ним и потусторонними силами.
Спустя некоторое время при дворе Елизаветы появился один польский дворянин по имени Альберт Лаский, воевода Сиражский. Королева приказала своему фавориту, графу Лейстеру, показать богатому иностранцу все, что было интересного в тогдашнем Лондоне. Воевода много слышал об алхимических опытах Джона Ди: и полагал, что тот обладает тайной трансмутаций. В самом деле, после знакомства с Эдуардом Келли Джон Дм всюду рассказывал, что у него есть эликсир долгой жизни, который он будто бы нашел в могиле одного епископа. Между тем воевода Лаский вел такой расточительный образ жизни, что даже его баснословное состояние быстро таяло. И он попросил графа Лейстера устроить ему встречу с прославленным знатоком оккультных наук, которая состоялась даже раньше, чем предполагалось, поскольку все трое вскоре оказались в королевском дворце. Ди сразу же пригласил знатного иностранца в свой дом в Мортлейке, По правде говоря, у него не было ни гроша, чтобы достойно принять гостя, и ему пришлось воззвать к великодушию Елизаветы, которая передала через Лейстера двадцать фунтов.
Создается впечатление, что Джон Ди, прежде отличавшийся безупречной честностью, подпал под влияние Эдуарда Келли: он решил обмануть Альберта Лаского, чтобы тот выделил средства на их алхимические опыты, по-прежнему не слишком успешные. Они стали рассказывать поляку о беседах с ангелом Уриэлем, но не разрешили присутствовать при общении с потусторонними силами под тем предлогом, что иностранец может вспугнуть ангела. Поляка томили несколько недель, разжигая в нем желание проникнуть в оккультный мир и все, более подчиняя его волю. Наконец 25 мая 1583 года магический сеанс состоялся: его описание сохранилось, но оно не позволяет определить, действительно ли явление ангела имело место или Келли и Ди использовали какие-то способы гипнотического и оптического воздействия. Как бы там ни было, Лаский объявил, что он потрясен и очарован; отныне магические способности доктора Джона Ди не вызывали у него никаких сомнений. Среди предсказаний, полученных благодаря ангелу, было и такое: Лаский станет счастливым обладателем философского камня, возложит на себя польскую корону и обретет бессмертие! Но, чтобы пророчество исполнилось, нужно было выполнить одно условие: воевода должен был увезти обоих англичан к себе на родину, чтобы они могли там спокойно продолжать свои герметические изыскания. Разумеется, Лаский, пылая энтузиазмом, согласился на это пустяковое условие, и трио немедленно отправилось в в Польшу.